主角工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探,在目擊黑衣組織的地下交易後,準備追蹤時卻被黑衣人琴酒襲昏,並被灌下代號為“APTX4869”(アポトキシン4869)的不明藥物後來雖然幸免於死,但身體就此縮小為小學時期的模樣。之後他化名為江戶川柯南,在好友阿笠博士的建議下,寄住在青梅竹馬毛利蘭的父親-蹩腳偵探毛利小五郎家中,繼續秘密從事追查黑暗組織的工作,並私下探尋獲得解藥的管道,希望能夠恢復原來新一的樣貌。與此同時,柯南憑著自己的推理天份,配合阿笠博士為他發明的道具,幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。故事內容當中穿插許多愛情,友情,犯罪,背叛,復仇等情節。
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