數年前,人類以超級戰艦“轟天號”,在南極擊潰“哥吉拉”,並且將“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外,還有許許多多的怪獸,對各大人類都市虎視眈眈。於是,人類成立了“地球防衛部”,專門對付各種怪獸的入侵。而地球防衛部最強大的成員,就是當年封印哥吉拉的此外,為了應付怪獸對人類造成的困擾,地球防衛部特別甄選了有特殊能力的人類,這些“超人類”擁有普通人類所沒有的“M染色體”,讓這些人類擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性,以應付怪獸的攻擊,其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。 就在不久之前,人們挖到一個巨大怪物的遺骸,而且怪物擁有機械跟生物的本質,懷疑能夠將生物跟機械結合起來的怪物應該來自於外太空。不久,尾崎真一收到來自嬰兒島“小美人”的警告,這個怪物是當年被“魔斯拉”給封印的“蓋剛”,蓋剛的出現代表著人類的危機。 就在蓋剛出土不久,世界各地突然在同一時間,遭受到了各大怪物的攻擊,一時之間讓地球防衛部忙的焦頭爛額。但是突然出現的神秘飛行器,卻將這些怪物全部都帶走。這些自稱“X星人”的外星來訪客,聲明自己是人類的朋友,要跟人類建立起同盟關係,更聲稱有一個巨大的星球即將撞上地球。但是在尾崎真一還有道格拉斯等人的調查之下,發現根本就沒有神秘星球要撞擊地球。而那些怪獸根本就是外星人侵略地球所釋放的,X星人根本是要把人類當作糧食來利用。 雖然外星人的真面目被揭穿,但是外星人擁有不可思議的超能力,還有手下聽命於外星人的巨大怪物。地球防衛軍最後被殲滅,隻剩下轟天號還茍延殘喘著。此時,道格拉斯想出一個大膽的計策,就是解開南極哥吉拉的封印,讓代表地球最強大怪物的哥吉拉,去面對這些外星來的侵略者....
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